尼姓主要有三种来源：
　　一、与倪姓同源，倪姓起源于山东邹县古国邾国，后因避仇而改姓倪，有可能一支改姓倪，另改姓尼。
　　二、孔夫子后代，孔子字仲尼，其后代有姓尼的。
　　三、少数民族汉化改姓。这里的少数民族主要指蒙古族和满族。这种情况最早可以追溯到元末明初，元军自雁门关退守大漠，一部分蒙元贵族未能及时撤退，滞留于山西，因为惧怕明军的屠蒙政策而就地改姓易族，其中以尼字打头的部族取其族名首字而改姓尼，后逢朱棣扫北，河北十室九空，遂从山西等地征召移民，蒙族尼姓因此迁入河北，这就是现今河北南部尼氏的起源。另有《简明满族姓氏全录（中）》中记载，尼姓乃从满族姓氏尼马察氏、尼奇哩氏、尼锡哩氏、尼珠珲氏等改为汉字姓氏而来。《简明满族姓氏全录》中记载：【尼佳氏】Nigiya Hala【尼马察氏】Nimaca Hala 见于《皇朝通志·氏族略·满洲八旗姓》此二姓世居乌尔锡河、沈阳、尼马察（俄罗斯乌苏里斯克）等第，乃八旗镶蓝旗姓氏，后入关，改汉字姓尼。杰出人物有清太祖时都统兼议政大臣【尼唐阿】。尼姓在各地散落，多以村庄形式存在，人数不多，也符合少数民族内迁后聚居的特点。